L'Etat et la Région de Franche-Comté se sont engagés en 2000 à soutenir financièrement la création d'une structure qui demanderait l'agrément ministériel de "Conservatoire botanique national". La mission de préfiguration, portée par la Société d'Horticulture du Doubs et des Amis du Jardin Botanique durant les années 2001-2002, a abouti à la création en mai 2003 du Conservatoire Botanique de Franche-Comté, Arc jurassien et bassins de la Saône et du Doubs qui regroupe au sein de son Conseil d'administration des collectivités, l'Office National des Forêts et des associations.

Le territoire d'intervention du Conservatoire
Le Conservatoire intervient sur l'ensemble de la région de Franche-Comté (départements du Doubs, du Jura, de la Haute-Saône et du Territoire de Belfort).