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La Marsilée à quatre feuilles est une fougère d’intérêt européen, protégée et considérée comme vulnérable en France. Elle se rencontre en Franche-Comté dans les étangs mis en assec de la Bresse, du piémont vosgien et du Sundgau, mais ses populations, souvent de faible effectif, semblent en constante régression du fait des modifications dans les modalités d’entretien des étangs.
Ce travail a été réalisé avec l’aide de la DIREN de Franche-Comté et du Conseil Régional de Franche-Comté, dans le cadre du Contrat de Plan Etat-Région.

L’Elatine à trois étamines est une discrète petite plante protégée, considérée comme vulnérable en France ; elle y a d’ailleurs été découverte dans la Bresse jurassienne. Elle se rencontre en Franche-Comté dans les étangs mis en assec de la Bresse et du Sundgau, mais elle y est rare et en danger d’extinction.
Ce travail a été réalisé avec l’aide de la DIREN de Franche-Comté et du Conseil Régional de Franche-Comté, dans le cadre du Contrat de Plan Etat-Région.

La Laîche de Buxbaum est protégée et considérée comme vulnérable en France. Elle ne se rencontre que dans quelques rares marais du Haut-Doubs et semble en danger d’extinction en Franche-Comté.
Ce travail a été réalisé avec l’aide de la DIREN de Franche-Comté et du Conseil Régional de Franche-Comté, dans le cadre du Contrat de Plan Etat-Région.

Le Bouleau nain, espèce arctique, ne s’est maintenu dans nos régions après les dernières glaciations qu’à la faveur de conditions locales extrêmement rudes, comme dans la tourbière de Mouthe dans le Haut-Doubs. Il est protégé et considéré comme vulnérable en France.
Ce travail a été réalisé avec l’aide de la DIREN de Franche-Comté et du Conseil Régional de Franche-Comté, dans le cadre du Contrat de Plan Etat-Région.

Le Lycopode petit-cyprès est un petit chaméphyte, à tige rampante et souterraine. Il affectionne les milieux pionniers acides. La disparition de ces stades pionniers et la fermeture du couvert végétal prive de lumière les lycopodes qui tendent donc à disparaître. En France, l'espèce a fortement régressé. Une seule station subsiste actuellement en Franche-Comté. Un plan d'action régional doit être engagé pour cette espèce, fortement patrimoniale, protégée au niveau national et considérée comme vulnérable en France et en danger en Franche-Comté. Toute mesure de gestion doit consister à maintenir un milieu pionnier où le Lycopode retrouvera des conditions favorables.

Le Glaïeul des marais est une plante bulbeuse de 30 à 60 centimètres de hauteur. Il affectionne les milieux ouverts tels que les prairies humides. Le caractère fluctuant de la nappe est un facteur très important pour son maintien.
La responsabilité de la Franche-Comté dans la conservation de cette espèce vulnérable en France peut être considérée comme élevée au regard de l'importance des populations comtoises.
Compte tenu des menaces fortes pesant sur les stations comtoises, le Glaïeul est considéré comme en danger dans notre région.
En 2005, Le Conservatoire Botanique de Franche-Comté a engagé un plan de conservation spécifique dont certaines mesures sont déjà en cours d'application.