La région de Franche-Comté constitue une entité biogéographique couvrant tout ou partie des régions naturelles suivantes : Jura oriental, Jura occidental, Jura méridional, plaine de la Saône, collines calcaires préjurassiennes et massif vosgien.

Mais grâce à ses différents partenaires nationaux et internationaux, il participe aux réflexions plus globales de mise en place des politiques et protocoles de sauvegarde de la flore et des milieux sur le plan national et européen.