Il est probable que les données disponibles ne reflètent pas complètement la réalité de la répartition actuelle de l’Ambroisie en Franche-Comté et que des efforts de prospection permettront de découvrir de nouvelles stations. Il est en effet avéré dans les régions et pays voisins qu’une fois installée, l’Ambroisie se répand très largement et très rapidement grâce à son potentiel d’envahissement.
Hormis quelques stations montagnardes aux environs de Saint-Claude, l’Ambroisie est pour l’heure davantage connue en plaine. Ses populations les plus étoffées se rencontrent dans la basse vallée du Doubs, à partir de Dole et en Bresse jurassienne. Pourtant riche en substrats propices, la basse vallée de la Loue ne compte qu’une station. Ailleurs, l’espèce a été observée sporadiquement dans le sud du Jura entre les vallées de l’Ain et de la Bienne, dans la forêt de Chaux, dans la moyenne vallée du Doubs bisontine et dans le pays de Montbéliard.
La quasi-absence de données en Haute-Saône et dans le Territoire de Belfort est certainement liée à la rareté de l’Ambroisie dans ces départements, à une carence en observateurs et à une implantation pour l’instant restreinte aux jardins privés.